Στις απόκρημνες πλαγιές της Ανάφης, όπως στον Κάλαμο και τις βραχονησίδες Φτενά, Μακριά και Παχιά, φωλιάζει ο μαυροπετρίτης, το γεράκι του Αιγαίου. Γνωστός και ως βαρβάκι, είναι μεταναστευτικό πουλί που έρχεται στη Μεσόγειο τον Απρίλιο και στα τέλη Οκτωβρίου επιστρέφει στη Μαδαγασκάρη και τα άλλα νησιά του Ινδικού για να ξεχειμωνιάσει. Στην Ελλάδα αναπαράγεται το 85% του παγκόσμιου πληθυσμού, ενώ η Ανάφη υπολογίζεται ότι φιλοξενεί περίπου 300 ζευγάρια. Σ’ αυτή την περιοχή του Αιγαίου ζει ακόμη το σπάνιο είδος του αιγαιόγλαρου, που είναι το μόνο είδος γλάρου που ζει αποκλειστικά στη Μεσόγειο. Στην Ανάφη, το είδος αναπαράγεται στις νησίδες γύρω από το νησί. Στο βόρειο μέρος του νησιού βρίσκουν καταφύγιο πολλές φώκιες.

Η Ανάφη διαθέτει πλούσιο και μοναδικό βοτανόκηπο ιδιαίτερα στα Ανατολικά και Νότια τμήματα του Νησιού με καταγεγραμμένα πάνω από 85 είδη φρυγανώδους βλάστησης. Κύριο χαρακτηριστικό της είναι η εξαιρετική ποιότητα θυμαριού που βοηθάει την ανάπτυξη της μελισσοκομίας. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον προκαλείη αυτοφυής βλάστηση της ζαφοράς (κρόκος).  Το ανάγλυφο δημιουργεί αρκετές κοιλάδες σημαντικού μήκους που καταλήγουν στις παραλίες. Στα πρανή του νησιού υπάρχει αρκετή βλάστηση και εκεί αναπτύσσεται κατά κύριο λόγω από τους κατοίκους η γεωργική παραγωγή. Υπάρχει αξιόλογη επιφάνεια δουλεμένη με αναβαθμίδες κυρίως στα νότια του νησιού. Αξιοπρόσεκτο επίσης είναι ότι στα όρια των ιδιοκτησιών έχουν αναπτυχθεί από παλιά φραγκοσυκιές και αθάνατοι που οριοθετούν και την έκταση που χρησιμοποιείται για γεωργική χρήση

Η Ανάφη σύμφωνα με την αναθεώρηση της Κλιματικής ταξινόμησης του συστήματος Koppen (2007) παρουσιάζει ένα θερμό ερημικό κλίμα (BWh) και παράλληλα μαζί με την Σαντορίνη αποτελούν τις μόνες περιοχές στην Ευρώπη με τέτοιου είδους κλίμα.